Lesson 03 — Phiên mã & dịch mã

Bộ công cụ tương tác: stepper DNA → mRNA → protein, bảng codon, mô phỏng ribosome A/P/E, và máy tính ảnh hưởng đột biến.

1. Stepper DNA → mRNA → Protein

Nhập một đoạn DNA (chỉ A, T, G, C — viết hoa hay thường đều được). Chọn mạch nhập (mạch mã = giống mRNA chỉ T→U; mạch khuôn = enzyme đọc theo). Viz sẽ tính ra mRNA, chia codon, và dịch ra peptide.

Mạch nhập (5'→3'):

Đây là:

Quy tắc: A↔U, T↔A, G↔C, C↔G (bắt cặp DNA–RNA). mRNA luôn 5'→3'. Dịch mã chia codon từ AUG đầu tiên, dừng ở stop (UAA/UAG/UGA).

2. Bảng mã di truyền tương tác — 64 codon

Bấm vào một codon bất kỳ để xem amino acid + tính chất. Codon khởi đầu (AUG) màu vàng; 3 codon stop (UAA, UAG, UGA) màu đỏ.

Lọc theo:

Bấm vào 1 codon để xem chi tiết.

3. Ribosome mô phỏng — A/P/E theo từng bước

Nhập 1 đoạn mRNA bắt đầu bằng AUG (chỉ A/U/G/C). Bấm "Bước tiếp" để ribosome đọc từng codon, hiển thị 3 khe A (vào), P (peptide đang xây), E (rời).

mRNA (5'→3'):

mRNA đang đọc:

—

3 khe trên ribosome:

E P A

← exit · peptide · aminoacyl →

Peptide đang xây: —

Sẵn sàng. Bấm "Bước tiếp" để bắt đầu pha initiation.

4. Máy tính tác động đột biến điểm

So sánh peptide trước/sau đột biến 1 nucleotide. Phân loại tự động: silent / missense / nonsense / frameshift (nếu chèn-xoá).

Thử: đổi base thứ 3 của một codon — protein thường không đổi (mã thoái hóa); đổi base giữa — dễ thành missense hoặc stop.

mRNA gốc:

Vị trí (1-based): Thao tác: Base mới (nếu đổi/chèn):

5. Tóm tắt bảng so sánh

Tiêu chí	Phiên mã	Dịch mã
Khuôn	DNA (mạch khuôn)	mRNA
Sản phẩm	mRNA	polypeptide
Máy chính	RNA polymerase	ribosome
"Người giao hàng"	nucleotide tự do	tRNA + amino acid
Nơi (eukaryote)	nhân	bào tương / rough ER
Đơn vị	nucleotide	codon (3 nt) ↔ 1 aa